Действия игры происходят в южной части Тихого океана. Джек Карвер (протагонист) — бывший спецназовец, ныне владелец небольшой компании, сдающей в аренду лодки в Микронезии. Его нанимает журналистка Валери Константин на остров Кабату. Подплыв к острову на скутере, Валери высаживается на него, а Джек остаётся на яхте. В этот момент с острова по яхте выстреливают из гранатомёта, и она разлетается в щепки. Джек успевает спрыгнуть до взрыва и плывёт под водой на остров, обстреливаемый охранниками, и всплывает внутри давно заброшенного комплекса японских бункеров. Выбравшись, он обнаруживает недружелюбных наёмников, которые устраивают за ним охоту. Джек находит телефон, по которому с ним связывается таинственный помощник и проводит его по острову. Джеку нужно найти Валери, и когда он попадает на разрушенный авианосец, где держали Валери, оказывается, что её уже депортировали. Вскоре, на форте Джек подслушивает разговор Криггера про исследования с мутагеном и сверхлюдей. На пирсе Джек встречает Дойла, который отвозит его на остров, где проводятся исследования, и там должна находиться Валери. Герой оказывается в пещере, где ведутся какие-то секретные разработки и встречает мерзких чудовищ — трайгенов, мутировавших приматов. На верхушке холмов того острова Джек замечает улетающий вертолёт, на который сажают Валери и хватается за перила, но Валери сталкивает Джека и прыгает вместе с ним в открытый океан. Валери оказывается агентом ЦРУ. Она рассказывает ему о том, что выбор его в качестве владельца яхты был вызван спецназовским прошлым, а также о закрытых разработках одного учёного и просит помочь ей взорвать лабораторию с помощью небольшого атомного заряда.

Главный герой, наемник или сотрудник неизвестной организации или спецслужбы, прибывает в неназванную африканскую страну с целью ликвидации торговца оружием, известного под псевдонимом Шакал. Главный герой следует из аэропорта в гостиницу города Пала, по дороге осматривая окрестности из автомобиля и слушая рассказ таксиста о ситуации в стране, находящейся в состоянии непрекращающейся гражданской войны. По прибытии в город главный герой обнаруживает у себя симптомы болезни и теряет сознание в такси.
Придя в себя, главный герой обнаруживает себя лежащим на кровати в гостинице. Его лихорадит. В углу комнаты главный герой видит вооруженного пистолетом и мачете человека европейской внешности (именно это и есть Шакал), который роется в его вещах и читает его дневник. Человек произносит монолог, из которого следует, что главный герой болен малярией, замечает, что ему нужна другая работа, оставляет главному герою мачете (воткнув его перед головой героя со словами: «Это я решаю, кому жить, а кому умирать. Я.», пистолет, брошенный на комод рядом с вами, и уходит из комнаты. Далее, главный герой теряет сознание, и приходит в себя уже утром. В этот момент за стеной слышится беспорядочная стрельба — в городе начались вооруженные столкновения ОФОТ (Объединённый Фронт Освободителей Труда) и СНС (Союз Народного Сопротивления). Взрыв за окном сбрасывает главного героя с кровати, он подбирает пистолет и мачете и получает первое сюжетное задание — выбраться из города…
Сбежать главному герою не удается, и он теряет сознание (возможно, от ранений, а если игрок сможет дойти до границы города, то от приступа малярии), а затем приходит в себя в одном из временных штабов (ОФОТ или СНС — это уже зависит от игрока (каких людей убьет и в какую часть города побежит). Далее, главный герой выполняет впоследствии различные задания обеих группировок, пытаясь пробиться к их лидерам и через них добраться до Шакала, разъезжая по стране, покупая оружие и снаряжение (кстати, валютой здесь являются неогранённые алмазы). Есть много квестов для других наемников (по мере их выполнения те становятся друзьями главного героя), а также задания по добыванию таблеток от малярии.
К концу игры главный герой проходит через кошмар бесконечной резни, безрассудной жадности и предательства, теряет друзей-наёмников, убивает сменяющих друг друга лидеров двух группировок, беспорядочно режущих друг друга в борьбе за власть, и наконец встречается с Шакалом. Тот объясняет, что этот ад, который творится в Африке, до которой никому из «цивилизованных» нет дела, — как болезнь, единственное доступное лекарство от которой, — истребление всех заражённых. Шакал направил в эту страну потоки оружия из бывших горячих точек, для того, чтобы в возникшем хаосе вывести из очага заразы тех людей, кто ещё остались людьми — пусть те, кто пытается нажиться на чужом горе, режут друг друга, а не тех, кто ни в чём не повинен. Тысячи беженцев, преследуемые головорезами СНС и ОФОТ, пытающимися воспрепятствовать их бегству, уже собрались у границы. Но пограничники с другой стороны требуют огромную взятку алмазами за проход, а один местный наркоторговец, заполучив приготовленный Шакалом «дипломат» алмазов, собирается сбежать с ними из страны на вертолёте. Шакал просит главного героя помочь в поисках. В случае, если у главного героя остались в живых друзья-наёмники, для которых он завершил все квесты, его ждёт самое страшное предательство. Наёмники, перебив охрану наркоторговца, попытаются предать и своего «друга», не раз спасавшего им жизнь, — убить его и бежать с алмазами самим. В финале предлагаются две концовки: пройти на верх горы с аккумулятором от автомобиля, чтобы, «подрубив» провода от взрывчатки к клеммам, взорвать ящик динамита и устроить обвал, перекрыв путь почти настигшим беженцев преследователям, или же отнести кейс с алмазами пограничникам, чтобы они пропустили людей, а потом застрелиться. Вся зараза должна быть уничтожена, в том числе Шакал и главный герой.
Результат — в стране так и не установилось единой власти, но оттуда ушли миллионы мирных жителей. Все международные благотворительные организации с удивлением отмечали крайне малое число жертв среди беженцев. Правдивый репортаж самоотверженного местного журналиста об этой войне и её истинных героях не заинтересовал ни одно СМИ. Тело легендарного Шакала официально так и не нашли.

Главный герой, Джейсон Броди, отправляется с друзьями в отпуск на необычайно красивый тропический остров Рук Айленд. После парашютного прыжка, приземлившись на одном из островов архипелага, они попадают в руки к местным пиратам под руководством Вааса Монтенегро — психопата, наркомана и садиста. Ночью Грант — старший брат Джейсона, инициирует вместе с ним побег, используя свои армейские навыки и по ходу дела учит нескольким приемам бесшумного передвижения по вражеской территории. Однако побег заканчивается трагедией, и Грант умирает от рук Вааса, а Джейсону в качестве насмешки дают тридцать секунд на побег, при этом говоря, что — «Если не мы, то джунгли убьют тебя». Во время переправы через канатный мост, героя застигает врасплох боевой вертолет пиратов. Пулеметные выстрелы перерезают веревки: Джейсон падает в реку и теряет сознание. Его спасает глава местного сопротивления — Деннис Роджерс, который считает Джейсона воином, ибо тот единственный, кто смог сбежать из лагеря пиратов и остаться в живых. Набив парню его первую татау (местная традиционная татуировка воина) и быстро объяснив ситуацию, Деннис втягивает Джейсона в продолжительную войну повстанцев и пиратов за власть над островом, обещая помочь ему освободить остальных друзей. Дальше юному воину придется пройти нелегкий и длинный путь, от простого городского парня, который ни разу в жизни не стрелял в людей, до расчетливого и жестокого воина, который решит судьбу острова, окутанного тайнами и безумием. В игре имеются две альтернативные концовки, после каждой из них доступен режим свободного исследования острова.